블루베리 열매는 2중 S자 곡선을 그리며 생장하는데 과피가 핑크색에서 청색으로 변하는 7~10일 사이에 과실이 급속하게 커지고 부드러워지며, 당도가 높아지고 산이 감소하여 품종 고유의 풍미가 배어나와 가장 맛있는 과실이 된다.

하이부시 블루베리의 경우 6월 상순에서부터 7월 하순까지, 래빗아이 블루베리의 경우 7월 하순에서 9월 상순까지이며 품종에 따라 차이가 있다.

블루베리 열매의 수확 적기 기준은 과피가 밝은 청색으로 변하고 나서 1주일 전후이다. 열매가 완숙하게 되면 과병이 붙어있는 부분까지 완전히 청색으로 착색하여서, 외관상 과병이 붙어있는 부분에 분홍빛이 남아 있는 미숙과와 구별을 쉽게 할 수 있다. 또, 성숙과의 과육은 손으로 만져서 확실히 구분이 가능할 정도로 부드러우며 열매를 손가락으로 집어 옆으로 살짝 기울이기만 해도 딸 수 있다. 미숙과를 딸 때는 약간의 잡아당기는 듯한 힘이 필요하다. 블루베리는 다른 과수와 특성이 달라 미숙과를 조기 수확했을 경우 이후에 변화하는 것은 과피의 색상뿐으로 당도와 산도는 거의 변하지 않아 상품성이 매우 떨어지고 곰팡이의 발생원인이 되기에 미숙과의 조기수확을 피하도록 한다. 1품종당 수확기간은 3~4주 정도로 계속 이어지며, 5~7일 정도의 간격으로 3~5회 정도의 수확작업이 필요하다.

생과 출하를 목적으로 하는 국내 시장 여건상 손으로 수확하는 것이 기계식 수확에 비하여 수확시 과실의 손상을 줄일 수 있으며, 과실의 크기 및 과색에 따른 선별을 할 수 있는 장점이 있다. 특히 수확 시 출하용기에 직접 담아 출하할 수 있는 장점이 있다. 성인 1명당 하루 평균 수확량은 약 30kg정도이나, 숙련자는 80kg까지 수확이 가능하며 바닥이 얇은 용기를 허리에 묶어 달고 양손으로 수확하면 수확 능률이 높아진다. 일정량이 되면 바닥이 얕은 망용기에 옮겨 담고, 품질의 저하를 막고, 과실온도가 높아지지 않도록 그늘에 보관한다. 수확은 가급적 밝은 날 오전 중에 하는 것이 바람직하나 우천시 수확할 경우, 젖은 과실을 통풍이 좋은 장소에 펴서 보관하는 것이 좋다.

일반적으로 블루베리 성목의 평균 수확량은 북부 하이부시 블루베리는 약 3~4kg, 관목형, 남부 하이부시 블루베리는 2~3kg, 래빗아이 블루베리는 약 4~6kg 정도이다.

블루베리는 다른 과수에 비해 열매의 크기가 작고, 과피가 얇기 때문에 주위 환경이나 충격, 상처 등에 의한 품질 변화가 오기 쉬우므로 품질 유지에 주의할 필요가 있다. 블루베리 과실의 상처나 연화는 고온 조건하에서 진행되고, 저온하에서는 억제되므로 수확한 과실은 가능한 빨리 서늘한 장소에 두고 과실 온도를 낮추어 출하를 위한 선별이나 포장 등의 작업을 이루도록 한다. 우천의 영향으로 과실이 심하게 젖어 있을 경우, 선풍기 등의 바람을 이용하여 말린다.

수확된 블루베리 열매의 신선도 유지를 위해선 우선 수확된 열매 중 상처가 심하거나 곰팡이가 낀 과실을 제거하도록 한다. 이후 가능한 한 빨리 얼지 않는 범위에서 저온(2~4℃)으로 보관하면 곰팡이의 발생, 과즙의 누출, 부패를 억제할 수 있다. 또 장기간의 보관을 위해 냉동저장(-20~23℃)을 하기도 하는데, 블루베리는 동결과 해동의 과정을 통하는 동안 급속한 변화가 일어나지 않고, 조직이나 육질, 구조의 손실이 거의 생기지 않기에 냉동 저장을 해두면 사계절 내내 생과와 마찬가지로 이용할 수 있는 장점이 있다.